Appartenente alla Comunità montana del Tronto, confina con tre regioni (Lazio, Umbria ed Abruzzo), è l'unico comune d'Europa racchiuso all'interno di due aree naturali protette (il Parco nazionale dei Monti Sibillini a nord e il Parco nazionale del Gran Sasso e Monti della Laga a sud), ed è noto per la presenza della storica rocca medievale che sovrasta l'abitato.
Sull'origine del paese si hanno notizie incerte. Alcuni storici riconducono l'odierna Arquata all'antica Surpicanum, uno dei centri della Regio V Picenum collocata tra le Statio della Tavola Peutingeriana Ad Martis e Ad Aquas l'attuale Acquasanta Terme. Un'altra ipotesi ne attribuisce la nascita ad un insediamento fortificato d'epoca romana dislocato sulla Consolare Salaria, strada che all'epoca era la via commerciale del trasporto del sale prodotto nelle saline di Truentum. 
Si suppone, inoltre, che Arquata possa essere un paese fondato dai Sabini, correlando la vicinanza di questo popolo già presente a Norcia e ad Ascoli, originato dalla migrazione di queste genti col ver sacrum, e che solo in seguito è appartenuto ai Romani. Nel I secolo d.C. la località e tutta l'area dell'Alta valle del Tronto appartenevano alla famiglia imperiale di Vespasiano, detta famiglia dei Flavi, originaria appunto della Sabina.
Le prime notizie certe e documentate su Arquata si trovano nel periodo dell'alto medioevo quando, nel VI secolo, era definita Terra Summantina. Ulteriore e successivo riferimento storico è fornito dall'invasione del popolo longobardo che è giunto fino a Spelonga, dove forse esisteva un castrum. Ne ricompare la citazione nella cronaca del viaggio intrapreso da Carlo Magno che, nell'800, ha attraversato questi luoghi per recarsi a Roma in occasione della sua incoronazione. Nel XIII secolo la città di Ascoli, con il contributo di Amatrice e Castel Trione, ha costruito la fortezza sulla sommità della rupe a nord del paese e, da questo momento, la storia di Arquata si confonderà e si sovrapporrà a quella della sua Rocca, aspramente contesa tra norcini e ascolani per circa tre secoli. Nell'anno 1215, si ricorda la visita di san Francesco d'Assisi, qui giunto nella sua missione di apostolato, mentre nel 1354, ad Avignone, è morto sul rogo il fraticello predicatore Francesco da Arquata per opera dell'Inquisizione. Nello Statuto d'Arquata del 1574 si legge una delle frasi più note legate a questo comune: «Che alcuno non se parta della terra d'Arquata e suo contado con animo de non ritornare a detta terra».
Un violento terremoto di magnitudo 6.0 la notte del 24 agosto ha colpito l'area di Accumoli ed Amatrice, causando gravi danni anche ad Arquata, facendo sprofondare a valle metà del paese. La frazione di Pescara del Tronto è stata completamente rasa al suolo, con solo poche case rimaste in piedi. Ulteriori danni sono stati provocati con le successive scosse del 26 ottobre presso Castelsantangelo sul Nera e Ussita. Il 30 ottobre la scossa più forte di magnitudo 6.5 a Norcia ha raso al suolo quasi tutta Arquata, con il collasso delle case, delle chiese e lo smottamento parziale della parte del bastione a valle. Solo la Rocca è rimasta in piedi, benché danneggiata anch'essa.
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